ต่อมไทรอยด์มีต้นกำเนิดมาจากการบุ๋มตัวของของคอหอย (pharynx) ที่บริเวณโคนลิ้น บริเวณที่เริ่มมีการบุ๋มตัวลงไปเรียกว่า ฟอราเมน ซีกัม (foramen caecum) แล้วลงไปตามท่อที่เรียกว่า ท่อไทโรกลอสซัล (thyroglossal duct) ซึ่งปกติจะหายไปเมื่อโตเต็มที่ แต่อาจพบได้ในลักษณะของถุงน้ำ (cyst) หรือช่องเปิดที่ผิดปกติ (fistula) มีส่วนน้อยที่อาจเหลือเป็นเนื้อเยื่อต่อมไทรอยด์ที่โตผิดที่ (ectopic thyroid tissue) ซึ่งความผิดปกตินี้สามารถแก้ไขได้โดยการผ่าตัด